Jeszcze w trakcie trwanie wojny, w marcu 1945 roku Twardowski rozpoczął studia w tajnym Seminarium Duchownym w Warszawie, które w 3 lata później udało mu się ukończyć. Święcenie kapłańskie otrzymał 4 lipca 1948 roku. W tym samym czasie zdobył również tytuł magistra filologii polskiej za pracę "Godzina myśli" Juliusza Słowackiego. Po zakończeniu nauki rozpoczął pracę jako wikary w parafii w Żbikowie k. Pruszkowa. Później pracował w charakterze nauczyciela religii w szkole specjalnej. W 1960 roku został rektorem kościoła sióstr Wizytek w Warszawie.
Od 1945 roku zaczęły ukazywać się wiersze ks. Twardowskiego, przede wszystkim w Tygodniku Powszechnego. Z wielkim uznaniem spotkał się wydany w 1970 roku, tomik Znaki ufności. 10 lat później artysta został wyróżniony nagrodą PEN Clubu im. Roberta Gravesa za całokształt twórczości. W 1996 roku przyznano mu Order Uśmiechu, natomiast w 2001 roku otrzymał nagrodę TOTUS, powszechnie uważanej jako "katolicki Nobel”.
Ks. Jan Twardowski odszedł wieczorem 18 stycznia 2006 roku w swym domu w Warszawie. Spoczął, wbrew jego ostatniemu życzeniu, w krypcie dla zasłużonych Świątyni Opatrzności Bożej. Pochowany został na warszawskich Powązkach na prośbę kardynała Józefa Glempa.
